El órgano de gobierno, representación y administración de la Fundación sin ánimo de lucro Ayuda en Acción es el Patronato. Actualmente el Patronato está constituido por 11 miembros, todos ellos profesionales de considerable prestigio y con una destacada trayectoria profesional, que asesoran y acompañan al equipo de la Fundación Ayuda en Acción en la consecución de nuestros fines fundacionales de solidaridad, tolerancia e igualdad, y administran diligentemente los bienes y derechos que integran el patrimonio de la misma.
El Equipo Directivo es el responsable de la gestión de la Fundación sin ánimo de lucro Ayuda en Acción bajo las directrices marcadas por el Patronato. Actualmente está integrado por 4 directores en áreas específicas de la organización y el Director General, como máximo representante de dicho órgano ejecutivo.